Na początku mszy św. arcybiskup przypomniał, że czterdzieści jeden lat temu, na Placu św. Piotra, papież Jan Paweł II w swej homilii nawiązywał do słów św. Piotra: „Ty jesteś Chrystus, Syn Boga żywego”. Papież mówił, że były to słowa wiary, które dały początek misji Piotra w historii zbawienia, od tego wyznania historia ludu Bożego otrzymała nowy wymiar. Ojciec święty wskazywał, że powinny one być wypowiedziane na nowo, ponieważ odsłaniają tajemnicę Boga żywego, objawionego przez Chrystusa. Papież apelował do wszystkich ludzi, by przyjęli słowa wypowiedziane przez Szymona Piotra, ponieważ w nich znajduje się wiara Kościoła i ostateczna prawda. -Jan Paweł II powtórzył wtedy za Piotrem słowa wiary, na której buduje się Kościół, pokazując tym samym, że jest Piotrem naszych czasów i ma pełnić rolę fundamentu, być opoką, skałą dla ludu Bożego i punktem odniesienia dla tych, którzy Boga oszukują i są od niego dalecy – zauważył metropolita. 

Ojciec święty łączył swoją historię z losem św. Piotra, który również przybył do Rzymu posłuszny natchnieniu Boga. Jan Paweł II mówił, że wstępuje na Stolicę Piotrową jako syn Polski – narodu, którego historia jest naznaczona żywą więzią z Watykanem. 

Arcybiskup przywołał wyznanie, które złożył św. Piotr Chrystusowi, gdy Zbawiciel trzykrotnie zapytał go o jego miłość. Apostoł pełen pokory i żalu powiedział: „Panie, Ty wszystko wiesz, Ty wiesz, że Cię kocham”. Metropolita zauważył, że Jan Paweł II pokazywał poprzez swą modlitwę, jak bardzo kocha Chrystusa i Kościół. Ci, którzy byli świadkami jego adoracji Najświętszego Sakramentu, nie znajdowali słów, by opisać uczucia im towarzyszące. Papież często sięgał po różaniec, kontemplując piękno świata i z wielkim skupieniem odprawiał Msze św.

Jan Paweł II pozostał wierny słowom św. Piotra, który w swoim liście pisał, że należy wzorem Chrystusa przetrzymać wszystkie cierpienia. Podczas modlitwy Anioł Pański 29 maja 1994 r. papież wyraził swoją wdzięczność za dar cierpienia. Zrozumiał, że jest ono potrzebne, ponieważ poprzez nie wprowadzi Kościół w trzecie tysiąclecie. Wskazywał, że istnieje Ewangelia cierpienia, którą należy głosić, by przygotować przyszłość. – Mówiąc, że trzeba przyjąć cierpienie dla dobra Kościoła, wskazywał cierpiącym sens trudnej sytuacji w jakiej się znaleźli. Stawał się opoką Kościoła w wymiarze cierpienia – powiedział metropolita.

Św. Piotr wskazywał, że należy zachowywać czyste sumienie. Za jego nauką podążał św. Jan Paweł II, gdy mówił w 1997 r. do przywódców państw, że Europę powinni budować ludzie, których sumienia będą wypalone, jak cegły w ogniu Ewangelii. 

W swoim liście św. Piotr pisał, że należy Chrystusa zawsze mieć w sercu i być gotowym, by Go bronić. – Macie w sobie nadzieję, żyjecie nią. Umiejcie ją uzasadnić wobec świata, pokazać dlaczego wy jesteście inni niż ten świat i często jesteście znakiem sprzeciwu wobec niego. To wezwanie św. Piotra – stwierdził arcybiskup. Przypomniał, że Jan Paweł II w 1998 r. w encyklice „Fides et ratio” pisał, że umysł człowieka jest w stanie zbliżyć się do Bożej Prawdy poprzez swój rozum i wiarę. 

Św. Piotr zginął śmiercią męczeńską, ukrzyżowany głową w dół. Św. Jan Paweł II dał swoje świadectwo o Chrystusie w dniu zamachu 13 maja 1981 r., przelewając swą krew i w Wielki Piątek 2005 r., przytulając się do krzyża.

Arcybiskup stwierdził, że Jan Paweł II stał się opoką, głosząc orędzie pokoju. W Wielkanoc 2005 r. błogosławił świat z gałązką oliwną w ręce. – Jan Paweł II, opoka Kościoła, kolejny Piotr naszych czasów odchodził z tego świata ze znakiem pokoju. Nie mógł już nic powiedzieć, podnosił ręce i błogosławił. Wspominając dziś jego wielki i wspaniały pontyfikat, prosimy Boga byśmy tym błogosławieństwem zostali wszyscy objęci – zakończył metropolita.

Po Mszy św., abp Marek Jędraszewski z bp. Janem Zającem, bp. Janem Szkodoniem i kustoszem sanktuarium ks. Mateuszem Hosają, posadzili pierwsze drzewo oliwne w powstającym przy papieskim centrum na Białych Morzach ogrodzie na wzór biblijnego Getsemani. Wspólnie odśpiewano “Barkę”. Wszyscy wierni mogli oddać cześć relikwiom św. Jana Pawła II.