Józef Kalinowski urodził się w Wilnie 1 września 1835 roku. Pochodził ze szlacheckiej rodziny. Był człowiekiem bardzo dobrze wykształconym. Studiował w Instytucie Szlacheckim w Wilnie, w Szkole Agronomicznej w Hory-Horkach oraz w Akademii Inżynierii Wojskowej w Petersburgu, gdzie uzyskał tytuł inżyniera i stopień porucznika. Po ukończeniu studiów w 1855 roku został mianowany asystentem matematyki w tej Akademii, od roku 1859 brał udział w projektowaniu linii kolejowej Kursk-Kijów-Odessa.

Był jednym z przywódców powstania styczniowego. Został aresztowany przez Rosjan 24 marca 1864 roku i skazany na karę śmierci. Zamieniono ją na 10 lat przymusowych prac na Syberii. Zwolniony w roku 1874, przyjął obowiązek wychowawcy Augusta Czartoryskiego w Paryżu, a w roku 1877 wstąpił do zakonu karmelitów bosych w Grazu w Austrii i przyjął imię zakonne brat Rafał od św. Józefa. Po złożeniu ślubów zakonnych studiował teologię. Święcenia kapłańskie otrzymał w Czernej koło Krakowa 15 stycznia 1882 roku. Zmarł 15 listopada 1907 roku, w założonym przez siebie klasztorze w Wadowicach. Został pochowany na cmentarzu klasztornym w Czernej.

Ojciec Rafał wiele godzin spędzał w konfesjonale. Miał niezwykły dar jednania grzeszników z Bogiem i przywracania ludziom spokoju sumienia. Nikogo nie potępiał, ale starał się pomagać. Był człowiekiem modlitwy, zawsze skupionym i posłusznym. Za życia i po śmierci cieszył się wielką sławą świętości.

Jan Paweł II beatyfikował go w 1983 roku  podczas Mszy świętej na krakowskich Błoniach, a kanonizował w Rzymie w roku 1991. Św. Rafał Kalinowski jest patronem oficerów i żołnierzy, orędownikiem w sprawach trudnych.