W młodości Atanazy otrzymał bardzo dobre wykształcenie. Po przyjęciu diakonatu, jako sekretarz biskupa Aleksandrii brał udział w Soborze Nicejskim (325 r.), gdzie dał się poznać jako zdecydowany przeciwnik arianizmu, przyczyniając się w znacznym stopniu do potępienia tej herezji. Głosiła ona, że Chrystus nie był prawdziwym Bogiem, tylko doskonałym człowiekiem. Bóg – zdaniem arian – nie mógł aż tak się uniżyć, aby przyjąć ludzką naturę. Pomimo potępienia herezja przez długi czas miała wielu zwolenników, doprowadzając w Kościele do głębokiego kryzysu: w zawoalowanej postaci spotkać ją możemy jeszcze dzisiaj. Atanazy przez całe życie głosił niezmordowanie, że Chrystus był prawdziwym Bogiem i prawdziwym człowiekiem. Niezłomność z jaką bronił tej prawdy, głębia jego nauczania i świadectwo życia sprawiły, że nazwano go „kolumną Kościoła” (św. Grzegorz z Nazjanzu) i uznano za jednego z najwybitniejszych biskupów w całej historii.

Z „Listu do Epikteta” św. Atanazego: „Tak więc Słowo Boże przyjęło w pełni naszą ludzką naturę i ją złożyło w ofierze, a nam dało udział w swej Boskiej naturze. (…) Zbawiciel istotnie stał się człowiekiem i stąd płynie zbawienie całego człowieka. Nasze zbawienie nie jest bynajmniej pozorne ani nie ogranicza się ono tylko do samego ciała, lecz jest naprawdę zbawieniem całego człowieka z ciałem i duszą. Owo zbawienie dokonało się w Słowie Wcielonym. To, co się narodziło z Maryi, było prawdziwym człowiekiem, prawdziwe było również ciało Jezusa, ponieważ było takie samo jak nasze. (…) A pomimo tego, że Słowo wzięło ciało z Maryi, Trójca Przenajświętsza pozostaje zawsze sobą, nie doznawszy ani wzbogacenia, ani umniejszenia, lecz zawsze jest doskonała”.

Nauka Atanazego o wcieleniu Syna Bożego nie była tylko teologiczną spekulacją, ale miała także i ma głębokie znaczenie dla naszego życia, bo jeśli Syn Boży stał się człowiekiem, to, oczywiście, aby powiedzieć nam o swojej nieskończonej miłości i nas zbawić, ale również aby dowartościować to, co składa się na nasz ludzki los. Mówiąc inaczej, poprzez swoje wcielenie Chrystus uświęcił także naszą codzienność, wciągnął ją w orbitę Boga i pokazał nam, że „Bogu i człowiekowi cudownie jest być razem”. (ks. Jerzy Szymik)

Arianie nie pogodzili się nigdy z decyzją Soboru Nicejskiego, a za swego głównego wroga uznali Atanazego, wypowiadając mu zdecydowaną walkę. Gdy w roku 328 Atanazy został biskupem Aleksandrii, starali się za wszelką cenę go usunąć, wysuwając przeciw niemu najgorsze oskarżenia. Gdy udawało im się pozyskać cesarza, Atanazy w obawie o swoje życie udawał się na banicję i aż pięciokrotnie musiał opuszczać Aleksandrię, spędzając na wygnaniu siedemnaście lat.