O dzieciństwie Jana Ciudad, bo takie było jego prawdziwe nazwisko, wiadomo niewiele. Podaje się, że mając zaledwie 8 lat uciekł z domu rodzinnego, prawdopodobnie pod wpływem opowiadań przygodnego wędrowcy. Po kilkutygodniowej tułaczce dotarł do Hiszpanii, gdzie przygarnęła go pewna rodzina. Pasł u niej bydło. Szybko jednak pozyskał serce swoich opiekunów, którzy nazwali go „Janem od Boga”, a kilkanaście lat później chcieli mu oddać za żonę własną córkę. Jan uciekł wtedy po raz drugi w życiu. 

Zaciągnął się do wojska. Walczył z Francuzami. Był ciężko ranny. Podczas służby skazano go też na śmierć, bo nie upilnował wojskowych pieniędzy. Wyrok zamieniono w ostatniej chwili, gdy był prowadzony na egzekucję. Po trzydziestu latach żołnierskiej tułaczki, udał się w rodzinne strony. Jego bliscy dawno już nie żyli: matka zmarła ze smutku, wkrótce po tym jak uciekł z domu. Jan pierwszy raz gorzko zapłakał. Zastanawiając się nad swoim życiem, słuchał kazań św. Jana z Ávili. Po jednym z nich, ogarnięty żalem za swoje grzechy, rzucił się na ziemię i targając odzienie wołał: „Boże, miłosierdzia, Boże, miłosierdzia”! Uznano, że postradał zmysły. Zamknięto go w domu dla obłąkanych, a dokładnie w lochu, gdzie przykutego łańcuchem do ściany polewano wodą i bito przez 40 dni (metody wówczas stosowane w leczeniu chorób psychicznych). 

Jan, o dziwo, nie bronił się, ale zachęcał „pielęgniarzy”, aby mocniej bili jego grzeszne ciało. Wypuszczony na wolność i bogatszy o to nowe doświadczenie, miał już obmyślony plan innego szpitala i innego traktowania chorych, stając się z czasem prekursorem nowoczesnej opieki medycznej. Istotnie, w założonym przez niego później szpitalu, po raz pierwszy podzielono chorych na oddziały i położono do osobnych łóżek. Wprowadzono też nocne dyżury i skrupulatnie przestrzegano higieny, rzecz wówczas niespotykana.

Z listów św. Jana Bożego: „Tylu ubogich do nas przychodzi, że często zastanawiam się, jak ich utrzymać. Ale to Jezus troszczy się o wszystko i wszystkich żywi. (…) Obecnie nasz dom mieści ponad stu dziesięciu chorych…, a ponieważ jest to dom otwarty, dlatego przyjmuje się chorych wszelkiego rodzaju i stanu: ułomnych, kalekich, trędowatych, niemych, obłąkanych… Od nikogo nie żąda się zapłaty…, dlatego pracuję zadłużony i jestem więźniem z powodu Jezusa Chrystusa. Niejednokrotnie bowiem nie śmiem wychodzić z domu z powodu ciążących na mnie długów. Kiedy jednak widzę, jak bardzo cierpią moi bracia i jak są przybici na ciele i na duchu, a ja nie mogę im pomóc, ogarnia mnie wielki smutek. Ufam wszakże Chrystusowi, bo On zna moje serce. Dlatego powiadam: nieszczęsny człowiek, który ufa tylko ludziom, a nie Chrystusowi. Czy chcesz, czy nie chcesz, ludzie cię opuszczą, a Chrystus pozostanie wierny i niezawodny. On naprawdę o wszystko się troszczy, dlatego nieustannie Mu dziękujmy”.

Poza troską o zdrowie ciała swoich podopiecznych, Jan Boży troszczył się także o ich dusze, dlatego wszyscy chorzy w jego szpitalach mieli zapewnioną opiekę duszpasterską.

Mówią, że każdemu choremu, który trafiał do jego szpitala, św. Jan Boży osobiście umywał nogi. I nie był to tylko piękny gest: on naprawdę był całkowicie oddany człowiekowi, aż po narażenie własnego życia, jak wtedy, gdy wynosił chorych z płonącego szpitala, czy jak wtedy, gdy zimą rzucił się do lodowatej wody, aby wyciągnąć topielca. Uratował mu życie, ale sam zapłacił za to zapaleniem płuc i śmiercią. Miał 55 lat.