Święty Jan od Krzyża urodził się w 1542 roku w Fontiveros, niedaleko Avila. Był trzecim z kolei dzieckiem Gonzaleza de Yepes i Katarzyny Alvarez. Miał dwóch braci: Ludwika i Franciszka, ale pierwszy z nich zmarł niedługo po urodzeniu (1541).

Warunki w domu były bardzo ciężkie, gdyż rodzina wyrzekła się Gonzaleza za to, że śmiał jako szlachcic wziąć za żonę dziewczynę z ludu. Jeszcze cięższe warunki nastały, kiedy zmarł ojciec. Jan miał wówczas dwa i pół roku. Matka przeniosła się z dziećmi do Arevalo (1548), a potem do Medina del Campo (1551). Jan został oddany do przytułku.

Od młodości Jan musiał pracować na swoje utrzymanie. Próbował zawodów: tkacza, krawca, snycerza, malarza, zakrystiana i pielęgniarza. Dzięki uciułanym pieniądzom mógł podjąć naukę w kolegium jezuickim w Medinie (1559-1563).

W roku 1563 wstąpił do karmelitów w Medinie i obrał imię Jan od św. Macieja. W zakonie napotkał na znaczne rozluźnienie życia zakonnego, dlatego gdy składał śluby, czynił to z myślą o profesji według dawnej obserwancji. Miał wtedy 21 lat. Po ukończeniu studiów filozoficznych i teologicznych w Salamance, w 25 roku życia otrzymał święcenia kapłańskie (1567).

W tym samym roku spotkał św. Teresę z Avila i zapoznał się z jej planami reformy karmelitów i karmelitanek. Współpracował z nią w tym zamierzeniu aż do roku 1577, a także sam zaczął wprowadzać te plany reformistyczne. Spotkało się to z gwałtownym sprzeciwem wielu środowisk karmelickich. Za ich przyczyną św. Jana od Krzyża pojmano w nocy z 3 na 4 grudnia 1577 roku w Toledo i osadzono w więzieniu, z którego udało mu się zbiec w 1578 roku.

Cierpienia św. Jana podjęte dla reformy zaczęły owocować. Gorliwi zakonnicy widzieli w nim męczennika sprawy i zaczęli się przekonywać do proponowanych przez niego zmian w życiu zakonnym. W więzieniu powstało jedno z jego dzieł: Kantyk duchowy. Twórczość poetycka św. Jana od Krzyża jest uważana za najwybitniejszy przejaw poezji mistycznej tamtego okresu. Miała ona znaczący wpływ na literaturę hiszpańską.

Mistyczną drogę do Boga ukazał jako drogę ku wnętrzu człowieka poprzez fazy następujących po sobie dwóch kryzysów: „nocy zmysłów” i „nocy ducha”, które poprzez swe oczyszczające działanie doprowadzają ludzką duszę do doskonałości, przebóstwienia i pełni miłości, a w konsekwencji do tzw. małżeństwa duchowego z Synem Bożym.

Najważniejsze dzieła św. Jana od Krzyża to: Droga na górę Karmel, Noc ciemna, Pieśń duchowa, Żywy płomień miłości.

Święty Jan od Krzyża zmarł w roku 1591 w Ubeda. W roku 1726 został kanonizowany. Dwieście lat później Pius XI ogłosił go doktorem Kościoła.