Sam przecież na Uniwersytecie Jagiellońskim studiował polonistykę, zanim możliwości tej nie odebrała mu wojna. Potem zajmował się studentami jako kapłan-duszpasterz i wykładowca. We wspomnieniach jego podopiecznych jawi się on jako profesor wprawdzie wymagający, lecz zarazem życzliwy, otwarty na rozmowę i sprawiedliwy. Wielokrotnie spotykał się z przedstawicielami środowiska akademickiego również w czasie swej posługi na Stolicy Piotrowej.

Jan Paweł II widział w uniwersytetach niezmiernie ważny czynnik kulturotwórczy (zarówno w wymiarze światowym, jak i narodowym) jako część spuścizny kulturowej wyrabiającej poczucie tożsamości narodowej. W trakcie pielgrzymki do Afryki w maju 1980 roku przypomniał o podstawowych celach kompletnej i autentycznej formacji uniwersyteckiej, jakimi są dostęp do wiedzy i kształtowanie świadomości. Mówiąc o nich, szczególną uwagę kładł na zagadnienie prawdy. W Kinszasie jednoznacznie podkreślił, że „kto mówi nauka, mówi prawda. Nie ma więc prawdziwego ducha uniwersyteckiego tam, gdzie nie ma natchnionej gorącą miłością prawdy radości poszukiwania i poznania.”

Duch, o którym wspomina polski papież, musi być nacechowany otwartością na to, co jeszcze niepoznane, również na Absolut, na Boga. Wydaje się, że dzisiaj obserwujemy proces jakby odwrotny. Świat nauki chce ograniczyć człowieka i to, co go otacza jedynie do rozumu i wiedzy, dla wiary miejsca już brak. Na wspomnianym wyżej spotkaniu Jan Paweł II zwrócił uwagę, że naukowiec, który pragnie wiernie wypełniać swe powołanie, „kształtując wiedzę oraz jej zastosowania (…) nie może pomijać prawd duchowych i moralnych, istotnych dla ludzkiej egzystencji, ani wartości, które z nich się wywodzą”. Widać tutaj silny związek między wolnością badań i poszukiwań naukowych a odpowiedzialnością, która wymaga obiektywności, dyscypliny i kompetencji.

Współczesna technologia rozwija się w zawrotnym tempie. Otwiera człowieka na coraz to nowe możliwości. Pamiętać jednak trzeba, że jest to potencjał neutralny – może zostać wykorzystany w celu ubogacenia, jak i degradacji rodzaju ludzkiego. Kwestia ta szczególnie leżała na sercu Ojcu Świętemu, którego życie naznaczone zostało przez doświadczenie dwóch systemów totalitarnych. 25 lutego 1981 roku na Uniwersytecie Narodów Zjednoczonych w Hiroszimie, w miejscu, które stało się symbolem kryzysu moralnego, jaki dotknął świat nauki, biskup Rzymu przestrzegał przed pokusami, jakich należy się wystrzegać: traktowania rozwoju technologicznego jako celu samego w sobie, stosowanie wobec niego kryterium wyłącznie ekonomicznego oraz wykorzystania go dla manipulacji innymi, np. przez rządzących. „Budowa nowego porządku społecznego zakłada, poza zasadniczymi umiejętnościami technologicznymi i ponad nimi, również wzniosłą inspirację, odważną motywację, wiarę w przyszłość człowieka, w jego godność, w jego przeznaczenie”. Zadanie to spoczywa dzisiaj na całym środowisku akademickim - tak na wykładowcach, jak i na samych studentach.