Przywołując patrona uczelni św. Jana Pawła II przypomniał, że już jako krakowski kardynał, Karol Wojtyła “w trudnych czasach dyskretnie pomagał wielu rodzinom, również pracownikom nauki i studentom”. – Świadczę o tym, bo często byłem pośrednikiem w tych sprawach – powiedział. Przywołał także patrona uczelni w kontekście Bożego Miłosierdzia. – Znamy jego zaangażowanie w przybliżenie Kościołowi orędzia miłosierdzia, jakie rozległo się z krakowskich Łagiewnik za sprawą świętej Siostry Faustyny. To był początek. Potem przyszła kolej na papieskie Magisterium, w które wpisała się również encyklika Dives in misericordia. – przypominał.

Kardynał zauważył, że przed uniwersytetem jest także misja posługi miłosierdzia. –  Uczciwe, rzetelne poszukiwanie najgłębszej prawdy o Bogu, o człowieku i o otaczającym go świecie, następnie dzielenie się tą prawdą jest gestem miłości i miłosierdzia wobec wszystkich, a zwłaszcza młodych ludzi, poszukujących sensu życia i swojego miejsca w świecie – mówił. Dodał, że dzisiajsza rzeczywistość wymaga od społeczności uniwersyteckiej działań. – Przykładem jest chociażby tocząca się w Polsce ostra debata, dotykająca prawa do życia nienarodzonych, ich niezbywalnej godności jako ludzkich istot. Jest nad czym pracować, aby pomagać ludziom odróżniać dobro od zła, prawdę od fałszu, miłość od osobistego i zbiorowego egoizmu – apelował.

Po mszy, w Filharmonii Krakowskiej odbyła się druga część uroczystości, podczas której przemówienie inauguracyjne wygłosił rektor uniwersytetu ks. prof. dr hab. Wojciech Zyzak. Następnie nastąpiła immatrykulacja studentów I roku, wręczenie nagród, medali i odznaczeń oraz wykład inauguracyjny prof. dr hab. Walerego Pisarka.

Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie wywodzi się z najstarszej polskiej uczelni Uniwersytetu Jagiellońskiego. 11 stycznia 1397 roku na prośbę królowej Jadwigi i jej małżonka Władysława Jagiełły ówczesny papież Bonifacy IX, wydał bullę Eximiae devotionis affectus erygującą Wydział Teologii w Krakowie. Data ta rozpoczyna 600-letnią działalność fakultetu.

W 1954 roku jednostronną uchwałą Rady Ministrów usunięto Wydział Teologiczny z Uniwersytetu Jagiellońskiego. Decyzja ta nie przerwała jednak jego faktycznej i kanonicznej egzystencji. W 1959 roku Stolica Apostolska wydała dekret stwierdzający, że "Wydział Teologiczny zgodnie z jego ustanowieniem i charakterem trwa pod kierownictwem jednej władzy kościelnej i na przyszłość ma się kształtować wedle praw ustanowionych przez Stolicę Apostolską". Dzięki staraniom kardynała Karola Wojtyły Wydziałowi został przyznany w 1974 roku zaszczytny tytuł Papieski.

Przełomowym wydarzeniem w dziejach Wydziału Teologicznego w Krakowie było wydanie przez Ojca Świętego Jana Pawła II 8 grudnia 1981 roku motu proprio Beata Hedvigis, na mocy którego ustanowiona została Papieska Akademia Teologiczna w Krakowie, składająca się z trzech wydziałów: teologii, filozofii i historii Kościoła. W uroczystość Najświętszego Serca Pana Jezusa, 19 czerwca 2009 roku, Ojciec Święty Benedykt XVI pragnąc uhonorować pamięć swego umiłowanego Poprzednika Sługi Bożego Jana Pawła II podniósł Akademię do godności Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II.