W czasie homilii abp Marek Jędraszewski nawiązał do Ewangelii wg św. Mateusza, która przedstawia Chrystusa jako dobrego pasterza. Metropolita krakowski zaznaczył, że przez 36 lat posługi kapłańskiej śp. ks. Marek mógł doświadczyć Jego losu – nie do końca rozumianego przez innych, krzywdzonego niekiedy niesłusznymi osądami i pomówieniami, a jednak na co dzień człowieka pełnego pokory, dobroci, cierpliwości. Zwrócił uwagę, że wezwanie Chrystusa, by każdy z nas wziął swój krzyż i podążał za Nim ma nie tylko znaczenie moralne, ale także głębsze, które dobrze rozumiał śp. ks. Marek – „nieść krzyż razem z Chrystusem dla zbawienia świata, nieść krzyż z Chrystusem mając świadomość możliwej przegranej, możliwej porażki, ufając w ostateczne zwycięstwo, które kiedyś da Bóg, zwycięstwo prawdy, sprawiedliwości, miłosierdzia”.

Arcybiskup przypomniał, że ks. Marek Hajdyła posługiwał jako wikary w parafii św. Marii Magdaleny w Rabce w latach 1988-1991, a potem przez dwa kolejne lata w parafii Matki Bożej Dobrej Rady w Krakowie-Prokocimiu. W latach 1993-2004 brał udział w dziele tworzenia i prowadzenia archidiecezjalnego Radia Mariackiego, które później zostało przekształcone w Radio Plus Kraków. W latach 2004-2010 był proboszczem w parafii świętych Apostołów Piotra i Pawła w Trzebini, a następnie w parafii św. Jadwigi Królowej w Krakowie-Krowodrzy. 

Metropolita nawiązując do słów, które św. Jadwiga usłyszała od Chrystusa u stóp krzyża na Wawelu: fac quod vides – czyń to, co widzisz, zwrócił uwagę, że to wezwanie do odpowiadania na wyzwania czasu stawało się palącym przynagleniem także dla śp. ks. Marka, „by nie ustać w dźwiganiu krzyża razem z Chrystusem, by poświadczać swoje kapłańskie ścieżki wiernością aż do końca, licząc się także z tym, że nie wszyscy zrozumieją, nie wszyscy właściwie ocenią, że może być krzywda, nawet porażka”.

Arcybiskup wspominał też kierowanie przez ks. Marka Hajdyłę Departamentem Wydarzeń Centralnych w Komitecie Organizacyjnym Światowych Dni Młodzieży w Krakowie w 2016 roku, gdzie Zmarły dał się poznać jako „człowiek pełen pomysłów, wielkiej pracy, umiejętności współpracy z innymi”. Ks. Marek Hajdyła służył Archidiecezji Krakowskiej jako członek Rady Kapłańskiej i członek Rady Duszpasterskiej. Został wyróżniony godnością kanonika Kapituły św. Floriana i św. Jana Pawła II.

Metropolita zauważył, że rok temu, kiedy razem z kolegami ks. Marek Hajdyła świętował 35-lecie pracy kapłańskiej, powiedział o sobie: „kapłaństwo jest treścią mojego życia”. Arcybiskup zaznaczył, że ta treść najbardziej przybija się wtedy, kiedy kapłan stoi przy ołtarzu sprawując Eucharystię. Homilię zakończył nawiązując do słów modlitwy eucharystycznej: „Zgromadzeni wokół Chrystusowego ołtarza, łączymy życie i śmierć ks. Marka z tajemnicą śmierci i zmartwychwstania Chrystusa i ofiarujemy Bogu – wraz z chlebem życia i kielichem zbawienia – wszystkie jego dobre dzieła, te które znamy i te, które zna tylko sam Pan. I dziękujemy Panu Bogu za to, że go powołał, że go wybrał, że chciał aby stał przed Bogiem i Jemu służył. Dziękujemy Panu Bogu za dar powołania do służby kapłańskiej. A jednocześnie dziękujemy rodzicom – składam te podziękowania na ręce mamy – za to, że szlachetnym sercem dali go kiedyś Kościołowi. I pokornie błagamy na koniec, aby dobry Bóg w swojej nieskończonej miłości miłosiernej zechciał go zjednoczyć ze Sobą i z całą wspólnotą świętych na wieczność całą”.

– Tak liczna obecność kapłanów, obecność kapituły i dzisiaj, i wczoraj jest wyrazem hołdu i wdzięczności, jaką chcemy okazać i oddać zmarłemu ks. Markowi. Dziękując mu za jego kapłańską postawę i za oddanie dla Bożej sprawy, za jego dobre serce. Naszą wdzięczność wyrażamy i będziemy wyrażać szczególnie w modlitwie. Księże Marku, jesteśmy przekonani, że pamięć o tobie będzie długo żywa. Szczególnie w sercach parafian św. Jadwigi na Krowodrzy i w tej bazylice, w sercach kapłanów, twoich kolegów i wszędzie tam, gdzie pracowałeś i z kim się spotykałeś, bo zostawiałeś ślady swojego radosnego i oddanego kapłaństwa, zostawiałeś tam siebie. Mamy nadzieję, że dobry Bóg przyjmie cię do Swojej chwały i prosimy, byś tam w Domu Ojca Niebieskiego o nas pamiętał – mówił na koniec liturgii ks. Grzegorz Szewczyk, prepozyt Kapituły św. Floriana i św. Jana Pawła II. Odczytał także list kondolencyjny od kanoników ze Stanów Zjednoczonych.

– Ksiądz kanonik Marek zawsze powtarzał, że wszystko trzeba oddać w ręce Boga. Dziś wierzymy, że Bóg, któremu zawierzył i oddał całe swoje życie, otwiera te ręce dla niego w bramie Królestwa Bożego – powiedział ks. Łukasz Michalczewski. Proboszcz parafii św. Floriana podziękował wszystkim uczestnikom uroczystości pogrzebowych.

Trumna z ciałem śp. ks. Marka Hajdyły spoczęła w krypcie kanoników Kapituły św. Floriana i św. Jana Pawła II. Ks. Marek Hajdyła zmarł 13 lipca. Miał 61 lat.