Liturgii przewodniczył bp Robert Chrząszcz. Na początku Mszy św. kard. Stanisław Dziwisz powiedział, że ks. Stanisław Szyszka był wrażliwy na sprawy Kościoła, archidiecezji i ojczyzny. – Niech się modli dalej, w inny sposób, za prezbiterium krakowskie, o nowe powołania kapłańskie, o Polskę, aby była wierna Chrystusowi, żeby nie schodziła z tej drogi – mówił metropolita krakowski senior.

W czasie homilii ks. Mieczysław Łukaszczyk podkreślił, że każdy kapłan powołany jest po to, aby głosić Słowo Boże i uświęcać świat przez sakramenty. Zaznaczył, że dzisiaj kapłaństwo nie jest cenione, a o kapłanach mówi się źle; brakuje też powołań kapłańskich. Za św. Janem Pawłem II zauważył, że kapłaństwo jest dziś konieczne, by uświęcać świat, bo ludzie potrzebują Chrystusa.

Przypomniał, że ks. Stanisław Szyszka w latach 80. został posłany do Zakopanego, aby założyć parafię i wybudować kościół Świętego Krzyża. Od początku dał się poznać jako wspaniały kaznodzieja. Z radością też udzielał sakramentów. – Chciał, żeby te sakramenty były przeżyciem i żeby podnosiły nas, żeby nas ciągle czyniły dziećmi Bożymi, bo takimi jesteśmy – mówił ks. Mieczysław Łukaszczyk zaznaczając, że trud budowy świątyni był tym większy, bo w czasach komunistycznych problem stanowiły nie tylko stosowne pozwolenia, ale brak materiałów budowlanych. W tym kontekście podkreślił wielką życzliwość wielu ludzi. Wskazał m.in. Wandę Półtawską, dzięki której z Włoch przywieziono posadzkę do kościoła.

Kaznodzieja przypomniał, że z parafii Świętego Krzyża w Zakopanem dwa razy w roku wychodzi pielgrzymka do krzyża na Giewoncie. Zaznaczył, że ks. Stanisław Szyszka szedł na tę pielgrzymkę chętnie i z radością, żeby wykorzystać okazję do mówienia o Chrystusie.

Przywołał też pielgrzymkę Jana Pawła II do Polski w 1997 r. 6 czerwca Ojciec Święty w kościele Świętego Krzyża w Zakopanem spotkał się z chorymi, a później pod Wielką Krokwią odprawiał Mszę św., w czasie której m.in. zachęcał do obrony krzyża. – Ksiądz Szyszka głosił krzyż. Głosił miłość Chrystusa, która okazała się na krzyżu. Ksiądz Szyszka prowadził do krzyża, bo krzyż jest znakiem zbawienia – mówił ks. Mieczysław Łukaszczyk i zwrócił się do rodziny Zmarłego i rodaków ze Spytkowic, aby byli dumni z ks. Szyszki, bo był wspaniałym kapłanem. Zwrócił uwagę, że po jego śmierci ktoś na Podhalu napisał, że „był to ksiądz fajny, mądry i ludzki” i zauważył, że w tych słowach mieści się wszystko, co określało ks. Szyszkę. Dziękując Bogu za 60 lat jego kapłaństwa i ponad 40 lat proboszczowania w Zakopanem prosił o modlitwę w jego intencji.

W imieniu Związku Podhalan Zmarłego żegnał ks. Władysław Zązel. – Łatwo jest księdza pochować, trudniej jest się księdza dochować. Niechże ten pogrzeb będzie jakimś natchnieniem dla młodych, pomimo trudnych czasów, ale prawda jest jedna i ta sama, że Pan Jezus wybiera tych, co sam chciał – mówił ks. Zązel podkreślając, że świat potrzebuje świętości i kapłanów. Zaznaczył, że kościół Świętego Krzyża wybudowany przez ks. Szyszkę powstał po to, aby przybliżać ludziom niebo.

Proboszcz parafii Świętego Krzyża w Zakopanem ks. Mariusz Dziuba podziękował wszystkim uczestnikom uroczystości pogrzebowych. Przypomniał, że ks. Stanisław Szyszka był honorowym obywatelem miasta Zakopane. – Dla Zakopanego zrobił bardzo dużo. Dbając o parafię, dbając o kościół, budując go, pamiętał, że jest zakopiańczykiem. 43 lata, ponad połowę swojego życia przeżył w tym miejscu. Zdrowie swoje stracił dla mieszkańców, dla zakopiańczyków, dla turystów – mówił ks. Mariusz Dziuba. Proboszcz poinformował, że ze względów proceduralnych ks. Szyszka nie może spocząć przy kościele parafialnym, a w miejscu, które wskazał w testamencie będzie symboliczny grób. Zostanie także upamiętniony w samym kościele. – Obiecuję – pamięć o księdzu Szyszce nie zginie – deklarował ks. Mariusz Dziuba.

Po Mszy św. nastąpiły obrzędy ostatniego pożegnania i odprowadzenie Zmarłego na cmentarz przy ul. Nowotarskiej w Zakopanem.