W środę, 1 czerwca kapłani i seminarzyści są zaproszeni do udania się do jednego z trzech jubileuszowych kościołów wskazanych przez Papieską Radę Wspierania Nowej Ewangelizacji w Roku Świętym (San Salvatore in Lauro, Santa Maria in Vallicella, San Giovanni dei Fiorentini), gdzie będą mieli okazję do celebracji sakramentu Pojednania i poświęcenia czasu na Adorację eucharystyczną.

Uczestnicy odbędą również pielgrzymkę do Drzwi Świętych Bazyliki Świętego Piotra. Droga pielgrzymkowa zaczyna się w pobliżu Castel Sant'Angelo i biegnie wzdłuż Via della Conciliazione.

Drugi moment tego dnia będzie składać się z katechezy, w grupach językowych, na temat miłosierdzia oraz z celebracji Eucharystii. Gwarantowane są one w językach: angielskim, francuskim, hiszpańskim, niemieckim, polskim, portugalskim, włoskim. Katechezę w języku polskim wygłosi bp Grzegorz Ryś. 

Drugi dzień Jubileuszu zostanie poświęcony rekolekcjom dla wszystkich kapłanów i seminarzystów świata, poprowadzonym przez Ojca Świętego.

W Rzymie, by wysłuchać medytacji papieskich, uczestnicy zbiorą się w trzech bazylikach. W ciągu dnia, Papież Franciszek będzie prezentował trzy medytacje, po jednej w każdej Bazylice. Te medytacje będą transmitowane na żywo przez Centrum Telewizji Watykańskiej i będą mogły być oglądane na całym świecie za pośrednictwem Internetu lub stacji telewizyjnych, które będą transmitować to wydarzenie.

Rekolekcje zakończą się koncelebracją Eucharystii w grupach językowych.

Jubileusz Kapłański zakończy uroczysta celebracja Mszy świętej w Uroczystość Najświętszego Serca Pana Jezusa. Eucharystii przewodniczył będzie papież Franciszek, będzie ona koncelebrowana przez wszystkich księży.