Po reorganizacji diecezji i prowincji kościelnych w Polsce, dnia 25.03.1992 r. został mianowany pierwszym biskupem ełckim. Przyczynił się do powstania Seminarium Duchownego w Ełku, zorganizował Kurię, Sąd Biskupi i Caritas Diecezji Ełckiej.

W uroczystość Najświętszej Maryi Panny Matki Miłosierdzia 16.11.2000 r. otrzymał nominację Ojca Świętego Jana Pawła II na arcybiskupa metropolitę białostockiego, a następnie, 30 maja 2006 r. został mianowany przez papieża Benedykta XVI arcybiskupem metropolitą warmińskim. Funkcję tę pełnił do 15.10.2016 r. Ojciec Święty Franciszek przyjął jego rezygnację z posługi arcybiskupa metropolity warmińskiego z powodu ukończenia 75 roku życia i rozpoczęcia czasu kanonicznej emerytury.

W ramach Konferencji Episkopatu Polski był przewodniczącym Zespołu ds. Kontaktów z Konferencją Episkopatu Litwy i Komisji Misyjnej. Należał do Komisji Duszpasterstwa oraz do Rady Ekonomicznej.