Zbigniew Marek SJ urodził się 23 stycznia 1947 r. w Wilkowicach k. Bielska-Białej jako syn Jana i Stanisławy z d. Bock.

Do Towarzystwa Jezusowego wstąpił 2 grudnia 1961 r., a po dwuletnim nowicjacie w Starej Wsi k. Brzozowa złożył pierwsze śluby 17 lutego 1964 r., które przyjął o. Wojciech Krupa SJ, rektor kolegium starowiejskiego. Po nowicjacie uzupełniał wykształcenie w zakresie szkoły średniej.

Maturę uzyskał w 1967 r. w Rzeszowie. W latach 1967-1969 studiował filozofię na Wydziale Filozoficznym Towarzystwa Jezusowego w Krakowie, a następnie teologię na Wydziale Teologicznym Towarzystwa Jezusowego Bobolanum w Warszawie (1969-1973). Ukończył studia magisterskie z katechetyki na Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie (1973-1976). Katechetykę studiował również w Grazu w Austrii (1978-1979). Na Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie uzyskał doktorat na podstawie rozprawy: „Teoria wychowania religijnego według Planu Trewirskiego w świetle nurtów katechetycznych lat sześćdziesiątych i siedemdziesiątych” (1989). Habilitację w dziedzinie nauk teologicznych uzyskał na ATK w Warszawie w 1994 r. („Rozwój teorii wychowania religijnego dziecka w wieku przedszkolnym w Polsce w latach 1945-1990”) oraz w dziedzinie nauk humanistycznych w 2008 r. na Wydziale Nauk Pedagogicznych Uniwersytetu w Toruniu („Wychowanie moralne dzieci i młodzieży we współczesnej edukacji religijnej”).

W 2000 r. nadano mu tytuł profesora nauk teologicznych.

Święcenia prezbiteratu otrzymał 21 maja 1972 r. w Częstochowie z rąk ks. bpa Stefana Bareły. Trzecią probację odbył w Berlinie Zachodnim w RFN (1982-1983) pod kierunkiem o. Franza Jalicsa SJ. Uroczystą profesję złożył 22 kwietnia 1984 r. w Zakopanem.

Zbigniew Marek SJ większość swego zakonnego życia spędził w Krakowie. W latach 1974-1978 przebywał w Kolegium, gdzie uczył religii. Od 1979 r. mieszkał we wspólnocie na krakowskich Przegorzałach, gdzie w różnych latach pełnił m. in. zadania ministra oraz duchownego domu. Był wykładowcą na ATK (obecnie Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego) w Warszawie od 1980 i od 1989 r. na Wydziale Filozoficznym Towarzystwa Jezusowego (obecnie Uniwersytet Ignatianum) w Krakowie oraz w kilku innych uczelniach w kraju i za granicą (m. in. na Katolickim Uniwersytecie w Rużomberoku oraz w International School of Menagement w Preszowie na Słowacji). Dwukrotnie był Dziekanem Wydziału Pedagogicznego Ignatianum (2001-2004 oraz 2007- 2010). Funkcję Prorektora WSFP Ignatianum pełnił w latach 2004-2007.

Był członkiem Centrum katechetycznego. Pracował na rzecz Konferencji Episkopatu Polski jako konsultor Komisji Wychowania Katolickiego, członek Zespołu ds. nowych programów katechetycznych oraz rzeczoznawca do spraw oceny programów nauczania religii i podręczników katechetycznych Komisji Wychowania Katolickiego KEP. W Polskiej Akademii Nauk zaangażowany był jako członek Komitetu Nauk Teologicznych.

Autor kilku rozpraw oraz wielu artykułów z zakresu katechetyki. Spod jego pióra wyszły takie książki jak: „Podstawy pedagogiki religii”, „Podstawy i założenia katechetyki fundamentalnej”, „Podstawy wychowania moralnego”, „Pedagogika towarzyszenia: perspektywa tradycji ignacjańskiej”, „Religia: pomoc czy zagrożenie dla edukacji?”. Współautor katechizmów oraz podręczników metodycznych. Inicjator i od 1990 redaktor „Horyzontów Wiary” oraz „Korespondencyjnego Kursu Biblijnego”. Tłumacz tekstów z zakresu pedagogiki i teologii. Był promotorem 11 prac doktorskich i recenzentem prawie czterdziestu rozpraw habilitacyjnych i doktoratów.

Oprócz pracy akademickiej posługiwał duszpastersko, prowadząc wielkopostne rekolekcje w różnych parafiach.

Od sierpnia 2023 r. ponownie zamieszkał w krakowskim Kolegium. Zmarł w szpitalu w Krakowie 18 lutego 2024 r.