26 lutego 1983 Jan Anchimiuk złożył wieczyste śluby mnisze, przyjmując imię zakonne Jeremiasz. 6 marca tego samego roku otrzymał godność archimandryty. Pięć dni później Święty Sobór Biskupów PAKP nominował go na biskupa pomocniczego diecezji warszawsko-bielskiej z tytułem biskupa bielskiego. W lipcu 1983, za zgodą Urzędu ds. Wyznań, objął wakującą katedrę wrocławsko-szczecińską. Jego uroczysta intronizacja odbyła się 20 i 21 września tego roku. W 1997 otrzymał godność arcybiskupa.

Był aktywnym uczestnikiem dialogu ekumenicznego w Polsce i w skali międzynarodowej. W latach 2001–2016 pełnił funkcję prezesa Polskiej Rady Ekumenicznej. W 1996 został po raz pierwszy wybrany na rektora Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej i sprawował tę funkcję łącznie przez trzy kadencje.