• W 1992 roku odbyła się operacja usunięcia papieżowi guza okrężnicy.
• W 1994 roku nastąpiło nawiązanie przez Watykan stosunków dyplomatycznych z Izraelem na poziomie ambasad.
• W 1999 roku podczas szóstej pielgrzymki do Ojczyzny papież nagle zachorował.

KRAKÓW: Błonia - msza św. z okazji 1000-lecia diecezji krakowskiej (ok. 1,5 min osób). W ołtarzu umieszczono cudowny Krzyż z opactwa cystersów w Mogile i obraz Matki Bożej z Kalwarii Zebrzydowskiej. [W związku z chorobą Ojca Świętego Eucharystii przewodniczył Sekretarz Stanu, kard. Angelo Sodano, a homilię odczytał kard. Franciszek Macharski]

GLIWICE: Nieszpory (ponad 400 tys. osób). [Z powodu choroby papieża nieszporom przewodniczył Jego legat - metropolita Detroit, kard. Adam Joseph Maida, a homilię odczytał nuncjusz apostolski abp Józef Kowalczyk]

Następnego dnia papież wyzdrowiał i powrócił na trasę swojej pielgrzymki.

• W 2000 roku, z okazji Wielkiego Jubileuszu, Jan Paweł II – z własnej inicjatywy – zjadł obiad z grupą 200 biednych i bezdomnych osóbw atrium Auli Pawła VI w Watykanie.