Arcybiskup był uczestnikiem obrad Soboru Watykańskiego II, gdzie współtworzył nieformalną  grupę Coetus Internationalis Patrum. Skupiała ona biskupów sprzeciwiających się zbyt daleko idącym zmianom w nauczaniu Kościoła oraz reformom kultu liturgicznego. W 1970 roku założył Bractwo Kapłańskie świętego Piusa X, kultywujące tradycyjną liturgię łacińską, celebrowaną przez Kościół do 1969 roku oraz kontestujące posoborowe nauczanie Kościoła w dziedzinie ekumenizmu, wolności religijnej oraz przeciwstawiające się wpływom współczesnego liberalizmu na jego działalność.

Francuski hierarcha wielokrotnie wypowiadał się krytycznie o działalności i poglądach papieża, zarzucając mu uleganie wpływom modernizmu, liberalizmu i indyferentyzmu religijnego, podmywających tradycyjne nauczanie Kościoła katolickiego obowiązujące do czasów Soboru Watykańskiego II. Niedługo po wyborze na tron papieski, 19 listopada 1978 roku Jan Paweł II przyjął abpa Lefebvre`a na audiencji prywatnej w Watykanie. Według relacji samego arcybiskupa nie przyniosła ona konkretnych rezultatów. Podczas spotkania, francuski arcybiskup miał prosić papieża o zezwolenie na kontynuowanie działalności Bractwa oraz przedstawić trudny do zweryfikowania list od biskupa przemyskiego Ignacego Tokarczuka. Zdaniem arcybiskupa, Jan Paweł II miał w czasie audiencji ocenić, że list jest falsyfikatem, stworzonym w celach operacyjnych przez służby specjalne PRL zajmujące się walką z Kościołem.

W 1988 roku abp Lefebvre został objęty przez Jana Pawła II karą ekskomuniki latae sententiae (występującą automatycznie) za złamanie kanonu 1382 Kodeksu Prawa Kanonicznego, dotyczącego wyświęcenia biskupów bez zgody Stolicy Apostolskiej. Arcybiskup dokonał takiego aktu 30 czerwca 1988 roku w szwajcarskiej miejscowości Econe, wyświęcając bez zgody papieża czterech biskupów. Ekskomunikę hierarchy ogłoszono publicznie w podpisanym przez Jana Pawła II motu proprio Ecclesia Dei adflicta 2 lipca 1988 roku.