Ks. Franciszek Macharski był wówczas rektorem Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej (1970–1978). Arcybiskupem metropolitą krakowskim był do 2005 roku. Jan Paweł II mianował go kardynałem prezbiterem w 1979. Jako pierwszy Polak otrzymał sakrę biskupią z rąk Jana Pawła II w Rzymie. Był bezpośrednim następcą Karola Wojtyły na krakowskiej stolicy arcybiskupiej.

Związki z Karolem Wojtyłą/Jane Pawłem II

Franciszek Macharski poznał Karola Wojtyłę w dzień swojego przyjścia do seminarium jesienią 1945. Często się wówczas widywali, rozmawiali, dyskutowali. Przerwa nastąpiła w latach 1956-61 kiedy Macharski wyjechał na studia do Fryburga. Od momentu gdy Macharski został w latach 1970-78 rektorem krakowskiego seminarium duchownego, został bliskim przyjacielem i zaufanym współpracownikiem Wojtyły.

Dzień wyboru Karola Wojtyły na papieża, 16 października 1978, zastał Macharskiego w Rzymie. Jeszcze w tym samym roku Macharski został mianowany arcybiskupem metropolitą krakowskim. Sakrę biskupią przyjął z rąk Jana Pawła II w bazylice św. Piotra 6 stycznia 1979. Jako zawołanie biskupie przyjął słowa: "Jezu, ufam Tobie!". Papież Jan Paweł II ofiarował swemu następcy złoty pektorał - krzyż napierśny, dar papieża Piusa X dla bp. Adama Stefana Sapiehy (Wojtyła nosił go jako arcybiskup krakowski) oraz rękopis poematu Stanisław. Macharski był wiernym, ale twórczym kontynuatorem programu duszpasterskiego Karola Wojtyły. Franciszek Macharski 30 czerwca 1979 otrzymał w Rzymie z rąk Ojca Świętego biret kardynalski na pierwszym konsystorzu, zwołanym przez nowego Papieża.

Ukochanym miejscem kardynała Macharskiego było Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach. Znany ze swego szczególnego przywiązania do idei miłosierdzia. Świadczy o tym długa lista dzieł charytatywnych, powstałych w okresie, gdy był metropolitą krakowskim: od domów samotnej matki, przez rodzinne domy dziecka, po zakłady opiekuńczo-lecznicze, poradnie psychologiczne i schroniska dla bezdomnych.

W 2002 papież Jan Paweł II pozostawił Macharskiego na arcybiskupstwie krakowskim, mimo przekroczenia wieku emerytalnego.

W dniu powrotu kardynała z pogrzebu Jana Pawła II, mimo ulewnego deszczu na placu pod papieskim oknem zgromadził się wieczorem tłum mieszkańców miasta. "Dziękujemy! Kochamy! Witamy!" - skandowali krakowianie. "Takich rekolekcji jeszcze w życiu nie miałem" - wyznał wówczas zgromadzonym kard. Macharski.

Zmarł 2 sierpnia 2016 w Szpitalu Uniwersyteckim w Krakowie, gdzie przebywał od czerwca po odniesieniu obrażeń spowodowanych upadkiem. Na kilka dni przed śmiercią (28 lipca) odwiedził go w szpitalu papież Franciszek, który w tym czasie uczestniczył w odbywających się w Polsce Światowych Dniach Młodzieży. 5 sierpnia 2016 został pochowany w katedrze na Wawelu, w krypcie biskupiej pod konfesją św. Stanisława

Kard. Franciszek Macharski o Janie Pawle II

Odszedł od nas Jan Paweł II, Dobry Pasterz, Ojciec i Brat zarazem, Przewodnik na drogach ludzkich, Nauczyciel i Świadek, pokazujący - tak sobą, jak i swoimi słowami, czerpanymi od Jezusa - jak żyć godnie: naprawdę po ludzku, to znaczy z miłością do Boga i bliźniego. Dopiero tydzień: smutku, żalu, i łez, że odszedł od nas. A równocześnie nowego, ŻYWEGO doświadczenia Jego obecności, miłości i ojcowskiej opieki, które w wyjątkowy sposób otwierały nas w stronę Boga. Bo darem od Boga było to nasze czuwanie w Jego bolesnym odchodzeniu i darem taka miłość, która nas gromadziła, żeby być razem przy Jego krzyżu, potem przy zdejmowaniu z krzyża i złożeniu do grobu. Nasz wspólny smutek i trwanie w bólu serca były jednak "przerośnięte" wdzięcznością dla Boga, że Go nam dał na Ojca, najpierw Kościoła krakowskiego, a od 27 lat Ojca Powszechnego Kościoła - i świata.

W tym naszym czuwaniu - modlitwie i jedności, był prawdziwy owoc Jego trudów wiernej miłości do nas! To był cudowny owoc darów, jakie nam przekazywał od Miłosiernego Boga przez dziesiątki lat. Tak, to był cud, który nas samych zaskoczył i zdumiał. Dziękujemy wszyscy Miłosierdziu Bożemu, żeśmy ten dar przyjęli - od najstarszych po najmłodszych.

My wszyscy jesteśmy pokoleniem Jana Pawła II! Niech trwa ten cud wiernej wiary i miłości, co się nie boją wysiłku, byleby tylko być bliżej Boga - nie schodząc z dróg wśród świata. Niech trwa ten cud przemiany, niech powraca ufność do Miłosiernego Jezusa, tym większa, im nam trudniej, im bardziej dokucza zniechęcenie, obojętność i oziębłość.

Teraz po pogrzebie - czas - odważam się powiedzieć - żebyśmy przyjęli dar Bożego odrodzenia po "zimie", dar żmudnej troski o zasiew i jego losy - by się nie zmarnowało to ziarno życia i ofiarnej śmierci Jana Pawła II. To czas na zmartwychwstanie! Tak, choć nie do chwały i jasności, w której nasz Ojciec Święty żyje w Trójjedynym Bogu, ale do odważnego wędrowania przez krzyż, który staje się bramą.

— List pasterski, 7 kwietnia 2005

Jan Paweł II o Franciszku Macharskim

Kiedy obejmowałeś krakowską stolicę, pozostawiłem Ci jakby w duchowym testamencie poemat Stanisław i widzę, że to Cię ukierunkowało w codziennym podejmowaniu odpowiedzialności za Kościół — ten w Krakowie, ale też i ten na świecie. Opatrzność sprawiła, że nie potrzeba było krwi, aby nawracała, jak za czasów wawelskiego Męczennika, ale wiem, że w tym ćwierćwieczu nie brakowało okazji do dawania wymagającego świadectwa o Chrystusie i Jego Ewangelii. Niech owocuje ono na długie lata w sercach ludzi powierzonych Twojej pasterskiej pieczy. Swoje świadectwo związałeś z przesłaniem o Bożym miłosierdziu. Jako biskupie zawołanie przyjąłeś słowa: Jezu, ufam Tobie! To zawierzenie miłosiernej miłości Boga też jest jakoś zakorzenione w dziejach św. Stanisława. On wiedział, że taką właśnie miłość trzeba głosić, czynnie nieść ją potrzebującym, kiedy trzeba — w jej imię upominać, a w jej mocy wybaczać i uświęcać. Wiem, że tej świadomości nie brakuje i Tobie, a dziś rośnie ona również w kapłanach i wiernych, którzy także dzięki Twojemu staraniu mogą dziś nabywać jej u samego źródła — w łagiewnickim Sanktuarium.

— List Papieża Jana Pawła II do kard. Franciszka Macharskiego, 1 grudnia 2003