13 maja 1981 roku, przed cotygodniową audiencją generalną, papież objeżdżał plac, aby pozdrowić zgromadzonych pielgrzymów. O godz. 17.19 Ojciec Święty został postrzelony w brzuch i rękę przez tureckiego zamachowca, Mehmeta Ali Agcę. Natychmiast podjęto decyzję o przewiezieniu rannego papieża do polikliniki Gemelii, gdzie przez 6 godzin go operowano. Kilka dni po zamachu, podczas pierwszego swego publicznego przemówienia w szpitalu, Jan Paweł II powiedział: Modlę się za brata, który mnie zranił, a któremu szczerze przebaczyłem. Na Boże Narodzenie 1983 roku papież odwiedził Ali Agcę w więzieniu.

Papież wierzył, że swoje ocalenie zawdzięczał opiece Maryi, co wyraził słynnymi słowami: Jedna ręka strzelała, a inna prowadziła kulę. Zamach miał bowiem miejsce w rocznicę pierwszych objawień Matki Bożej w Fátimie.

Dlatego tam właśnie udał się Ojciec Święty dokładnie rok później. 13 maja 1982 roku przed figurą Matki Bożej Fatimskiej odmówił uroczysty akt poświęcenia i zawierzenia świata Niepokalanemu Sercu Maryi.

I wreszcie 18 lat później, znów w Fátimie, Jan Paweł II wyniósł na ołtarze dwoje pastuszków, którzy byli świadkami słynnych objawień. Jeszcze przed Mszą beatyfikacyjną papież spotkał się z s. Łucją, kuzynką Franciszka i Hiacynty Marto, trzecią z osób, którym ukazała się Matka Boża. Po uroczystości ówczesny Sekretarz Stanu Stolicy Apostolskiej, kard. Angelo Sodano ogłosił, iż z woli Ojca Świętego wkrótce zostanie ujawniona tzw. trzecia część tajemnicy fatimskiej. Stało się to 26 czerwca 2000 roku.