Od 13 do 16 sierpnia Ojciec Święty odbył sentymentalną podróż po najbliższych mu miejscach. Nawiedził rodzinne Wadowice i sanktuarium maryjne w Kalwarii Zebrzydowskiej, gdzie wielokrotnie w młodości pielgrzymował. Na trasie nie zabrakło oczywiście Krakowa. Na Cmentarzu Rakowickim papież-Polak nawiedził grób swoich rodziców i brata. Z kolei podczas Mszy Świętej na Rynku beatyfikował Anielę Salawę, a w szpitalu w Krakowie-Prokocimiu poświęcił Instytut Pediatrii i spotkał się także z chorymi dziećmi.

Jednak najważniejszym wydarzeniem papieskiej pielgrzymki i głównym celem przyjazdu Jana Pawła II do Ojczyzny były VI Światowe Dni Młodzieży w Częstochowie. Głównym motywem modlitewnego spotkania Ojca Świętego z młodymi całego świata było zdanie zaczerpnięte z Listu do Rzymian: „Otrzymaliście ducha przybrania za synów” (Rz 8, 15).

Wśród miliona uczestników tego spotkania było ok. 100 tys. osób z terenu byłego ZSRR. Papież nie ukrywał swojej wielkiej radości z tego powodu: „Ten szósty z kolei Światowy Dzień Młodzieży posiada swoje szczególne znamię, które odróżnia go od poprzednich: po raz pierwszy uczestniczą w nim licznie młodzi ludzie z Europy wschodniej. (…) Serce moje napełnia się radością, gdy widzę was razem, młodzi przyjaciele ze Wschodu i Zachodu, z Północy i Południa, gdy widzę was zjednoczonych wiarą w Chrystusa, który jest wczoraj i dziś, ten sam także na wieki. Wy jesteście młodością Kościoła, który stoi wobec wezwania nowego milenium. Jesteście Kościołem jutra, Kościołem nadziei”.

Na zakończenie ŚDM Jan Paweł II zawierzył Jasnogórskiej Pani każdego człowieka. W przemówieniu pożegnalnym zachęcał młodych, aby wzrastali i dojrzewali. „Bądźcie wymagający wobec otaczającego was świata, ale przede wszystkim wymagajcie od siebie samych. Jesteście synami Bożymi: bądźcie z tego dumni! Nie popadajcie w przeciętność, nie ulegajcie dyktatom zmieniającej się mody, która narzuca styl życia niezgodny z chrześcijańskim ideałem, nie pozwólcie się mamić złudzeniom konsumizmu, Chrystus wzywa was do rzeczy wielkich. Nie sprawcie mu zawodu, bo w ten sposób wy sami spotkalibyście się z zawodem”.