Większość czasu podczas tej pielgrzymki Ojciec Święty spędził w Angoli. Na jeden dzień udał się na Wyspy Świętego Tomasza i Książęcą.

W swoich przemówieniach Jan Paweł II nawiązywał do dziejów Angoli, która przez kilkadziesiąt lat była nękana był przez wojny i reżim komunistyczny (obalony zaledwie rok wcześniej), wyrażając solidarność z jego mieszkańcami i kierując do nich słowa pocieszenia i nadziei.

Podczas Mszy Świętej na stadionie w Huambo, gdzie w czasie wojny odbywały się egzekucje, papież apelował: „Nigdy więcej wojny! Pokój dla Angoli! Pokój dla Angoli na zawsze!”. W uroczystość Zesłania Ducha Świętego Jan Paweł II celebrował Eucharystię zamykającą obchody 500-lecia ewangelizacji Angoli, w której wzięło udział ok. miliona osób.

Z kolei na Wyspach Świętego Tomasza i Książęcej papież odprawił 6 czerwca Mszę Świętą, podczas której mówił przede wszystkim o małżeństwie i rodzinie. Znaczna część tamtejszych mieszkańców żyje w wolnych związkach, dlatego Ojciec Święty zwrócił szczególną uwagę na sakramentalny wymiar małżeństwa. Ostro potępił też proceder handlu niewolnikami, który ma tam miejsce.