Siódma i najdłuższa wizyta Ojca Świętego w Ojczyźnie – w dniach 5-17 czerwca 1999 roku – przebiegała pod hasłem Bóg jest Miłością. Wiodącym tematem papieskich przemówień było natomiast Osiem Błogosławieństw. Papież odwiedził Gdańsk, Sopot, Pelplin, Elbląg, Licheń, Bydgoszcz, Toruń, Ełk, Wigry, Siedlce, Drohiczyn, Warszawę, Sandomierz, Zamość, Radzymin, Łowicz, Sosnowiec, Kraków, Stary Sącz, Wadowice, Gliwice i Częstochowę. Łącznie na spotkaniach z Janem Pawłem II zgromadziło się ok. 10 milionów osób.

Podczas tej wizyty miała miejsce kanonizacja bł. Kingi oraz beatyfikacja ks. Stefana W. Frelichowskiego i 108 męczenników z czasów II wojny światowej , a także M. Reginy Protmann i Edmunda Bojanowskiego.

Po przylocie Jan Paweł II powiedział, że pielgrzymka ta jest przedłużeniem poprzedniej. W 1997 roku papież zainaugurował obchody 1000. rocznicy śmierci św. Wojciecha, a  dwa lata później rozpoczął swoją wizytę od Gdańska, gdzie święty zakończył swoją misję.

Podczas tej wizyty Jan Paweł II po raz pierwszy pojawił się w parlamencie, gdzie został niezwykle owacyjnie przyjęty.

15 czerwca z powodu podwyższonej temperatury na tle wirusowym, Ojciec Święty nie mógł przewodniczyć Mszy Świętej na krakowskich Błoniach i popołudniowym nieszporom w Gliwicach. Mimo niesprzyjającej pogody wierni w obu miastach gorliwie modlili się o zdrowie dla papieża. Wieczorem papież pojawił się jednak w oknie przy ul. Franciszkańskiej 3 w Krakowie, aby pobłogosławić zgromadzonych. Ostatniego dnia wizyty Jan Paweł II niespodziewanie odwiedził jednak gliwiczan, z którymi odmówił modlitwę Anioł Pański i prowadził w śląskiej gwarze zabawny dialog. Przed samym odlotem do Rzymu papież odwiedził jeszcze Jasną Górę, której nie było w planie pielgrzymki.

Takich wzruszających i zaskakujących momentów było więcej. W Starym Sączu papież bezbłędnie wymieniał pobliskie trasy i górskie szczyty, a na Mazurach odwiedził zwykłą, wiejską rodzinę. Natomiast na wadowickim rynku Ojciec Święty wspominał drogie sobie miejsca z czasów dzieciństwa i prowadził niezapomniany, serdeczny dialog ze zgromadzonym tłumem. Jan Paweł II kolejny raz zauroczył Polaków.

Od 5 do 9 czerwca papież-Polak przebywał w Chorwacji. Wiodącym tematem tej pielgrzymki był apel o pojednanie między różnymi wyznaniami.

W czasie Mszy Świętej w Dubrowniku Jan Paweł II beatyfikował chorwacką zakonnicę, s. Marię od Jezusa Ukrzyżowanego, założycielkę Zgromadzenia Córek Miłosierdzia, którego zadaniem jest opieka nad chorymi, samotnymi i biednymi. Z kolei w Djakovie we Mszy Świętej uczestniczyli nie tylko katolicy, ale także przedstawiciele Serbskiej Cerkwi Prawosławnej oraz Wielki Mufti Zagrzebia wraz z wyznawcami islamu.

103., a zarazem przedostatnia zagraniczna podróż apostolska Jana Pawła II miała miejsce w dniach 5-6 czerwca 2004 roku. Hasłem tej pielgrzymki było słowo „Wstań”, wypowiedziane przez Jezusa do młodzieńca w Nain (por. Łk 7, 14).

Ojciec Święty przybył do Szwajarii, aby spotkać się przede wszystkim z młodymi katolikami, którzy uczestniczyli w swym pierwszym krajowym zlocie. Spotkał się również z 300-osobową grupą członków Stowarzyszenia byłych Gwardzistów Szwajcarskich i ich rodzin.

Natomiast 5 czerwca 2000 roku Jan Paweł II przyjął na oficjalnej audiencji prezydenta Rosji, Władimira Putina.