W 1988 roku w Bazylice św. Piotra papież-Polak dokonał uroczystego zamknięcia Roku Maryjnego, który był obchodzony w Kościele od 7 czerwca 1987 roku. – Smok nie jest silniejszy od Niewiasty-Maryi – powiedział wówczas Jan Paweł II.

Tę samą datę nosi list apostolski Murielis dignitatem o godności i powołaniu kobiety. Ogłoszony z okazji wspomnianego Roku Maryjnego był to pierwszy tej rangi papieski dokument w całości poświęcony "kwestii kobiecej". Ojciec Święty poddał ją dokładnej analizie, interpretacji i pozytywnej prezentacji w świetle Bożego objawienia i chrześcijańskiej antropologii.

W 1989 roku w uroczystość Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, ukazał się się kolejny dokument Jana Pawła II – adhortacja apostolska Redemptoris Custos o św. Józefie i jego posłannictwie w życiu Chrystusa i Kościoła. Ojciec Święty opisuje w niej rolę, jaką odegrał św. Józef w historii Zbawienia. Tytuł dokumentu jest odwołaniem do jednego z przymiotów małżonka Maryi – opiekun Zbawiciela. Papież podkreślił, że św. Józef jest również uważany za opiekuna całego Kościoła.

W 1997 roku – listem apostolskim Laetamur magnopere – Ojciec Święty zatwierdził typiczne wydanie łacińskie Katechizmu Kościoła Katolickiego. Dokument ten, publikowany w wielu językach w narodowych edycjach KKK, promulguje poprawiony tekst poprzedniej wersji katechizmu, który został zaaprobowany w konstytucji apostolskiej Fidei depositum z 11 października 1992 roku.

15 sierpnia 2000 roku w Rzymie miało miejsce uroczyste otwarcie – w dwóch etapach – XV Światowych Dni Młodzieży. Jan Paweł II najpierw spotkał się z włoską młodzieżą na placu przed Bazyliką św. Jana na Lateranie. Następnie papież udał się na Plac św. Piotra, gdzie zgromadzili się młodzi wierni  z całego świata – najliczniej z Francji (ok. 70 tys.), Polski (ok. 50 tys.) i Hiszpanii (ok. 40 tys.). Ojciec Święty wymienił po kolei 159 krajów, z których przybyli uczestnicy. Podczas tej uroczystości wniesiono kopię obrazu Matki Bożej „Salus Populi Romani” i umieszczono obok krzyża Światowych Dni Młodzieży. W swoim przemówieniu Jan Paweł II, nawiązując do historii swego życia, zachęcił młodych do umacniania wiary w życiu chrześcijańskim.