• W 1985 roku odbył się trzeci konsystorz zwołany przez polskiego papieża. Kapelusze kardynalskie otrzymało na nim 28 duchownych. W tym gronie znaleźli się m.in. abp Henryk Gulbinowicz i abp Andrzej Maria Deskur.
• W 1990 roku Jan Paweł II rozpoczął trzydniową pielgrzymkę na Maltę. Była to czterdziesta ósma podróż apostolska i pierwsza pielgrzymka Ojca Świętego do tego kraju.

Podróż apostolska Ojca Świętego na Maltę była pielgrzymką do miejsc związanych z osobą św. Pawła, który na tej wyspie znalazł się po zatonięciu okrętu wiozącego go jako więźnia do Rzymu. Najważniejszym liturgicznym wydarzeniem pielgrzymki była uroczysta msza święta w Satimo na wyspie Gozo, w sanktuarium maryjnym Ta'Pinu. Homilię Papież poświęcił rodzinie, zachęcając licznie zgromadzonych wiernych do modlitwy, szczególnie w rodzinach. Często niestety zdarza się - mówił Ojciec Święty – że jednostki i całe rodziny tak bardzo są pochłonięte przez rozliczne troski życia codziennego, iż nie mają czasu zatrzymać się na chwilę, spojrzeć na swoje życie w perspektywie duchowej i odkryć na nowo prawdę swego powołania. Jest to wielki dramat, jakże bowiem bez ducha modlitwy i medytacji możemy dostrzec Bożą wolę wobec nas, zwrócić się ku Niemu z posłuszeństwem i miłością, a dzięki temu zaznać szczęścia i pokoju, dla którego On nas stworzył. Po mszy św. Ojciec Święty powrócił wodolotem na Maltę. Trasa rejsu wiodła w pobliżu miejsca, gdzie według tradycji zatonął okręt wiozący św. Pawła.

Podczas spotkania z duchownymi w konkatedrze w La Valetta Papież podkreślił wartość życia konsekrowanego. W najstarszym sanktuarium maryjnym na wyspie - w Mellieha, w którym znajduje się cudowny obraz Matki Bożej namalowany według tradycji na skale przez św. Łukasza, Ojciec Święty spotkał się z rodzinami misjonarzy i misjonarek maltańskich pracujących na całym świecie (ponad 40% kleru diecezjalnego i zakonnego oraz zakonnic Malty pracuje na misjach). W Cottonera spotkał się z osobami pracującymi, kierując do nich przemówienie, w którym zawarł podstawowe idee ewangelii pracy. Podczas spotkania z młodzieżą w Spaali Jan Paweł II zwrócił uwagę na trudności, jakie sprawia pełnienie woli Bożej: Wahamy się zdając sobie sprawę, że posłuszeństwo Bogu wymaga ofiar z naszej strony. Nasza natura buntuje się przeciwko temu. Jednak Ewangelia uczy nas osobistej odpowiedzialności za dary Boże, jakie otrzymaliśmy, za powierzone nam talenty. W Rabacie Papież odwiedził grotę św. Pawła, w której apostoł przebywał przez trzy miesiące. Skierował też słowa podziękowań do rodzin, przyjaciół i wolontariuszy, którzy opiekują się ludźmi chorymi i starszymi: W waszej wspaniałomyślności i współczuciu wobec potrzebujących braci i sióstr znajduje swe odbicie obraz miłosiernego Samarytanina.

• W 1995 roku została ogłoszona encyklika Ut unum sint o działalności ekumenicznej. Jest to pierwszy dokument papieski wydany po Soborze Watykańskim II, który podejmuje w sposób systematyczny problematykę jedności wśród wierzących w Chrystusa, ukazuje przebytą drogę, a także dzisiejszą sytuację ekumenizmu oraz potrzebę jego dalszego rozwoju w perspektywie głoszenia Ewangelii wszystkim narodom.