Z woli Pana naszego Jezusa Chrystusa wyrażonej przez konklawe kardynałów po śmierci nieodżałowanej pamięci papieża Jana Pawła I — wypada mi opuścić Kościół krakowski, stolicę biskupią świętego Stanisława, i przejąć Stolicę Świętego Piotra w Rzymie.

Jan Paweł II, List do Archidiecezji Krakowskiej, Watykan 1978

Na konklawe 16 października 1978 roku około godziny 17:15 kardynał Karol Wojtyła wybrany został biskupem Rzymu i 264 następcą Świętego Piotra. Przyjął imię Jan Paweł II. Był pierwszym papieżem spoza Włoch od roku 1522. Uroczysta inauguracja pontyfikatu odbyła się 22 października 1978 roku na Placu Świętego Piotra. 12 listopada 1978 roku dokonano uroczystego ingresu do Bazyliki Świętego Jana na Lateranie, czyli katedry Biskupa Rzymu.  

W ciągu całego pontyfikatu trwającego 26 lat 5 miesięcy i 17 dni Jan Paweł II odbył 104 zagraniczne podróże apostolskie, oraz 94 wizyty na terenie Włoch. Łącznie odwiedził 130 krajów na wszystkich zamieszkałych kontynentach, niektóre kilkakrotnie. Przemawiał do wiernych w wielu językach; biegle posługiwał się polskim, włoskim, francuskim, niemieckim, angielskim, hiszpańskim, portugalskim a także  łaciną i  greką.   Ośmiokrotnie odwiedził swoją Ojczyznę - Polskę. W latach 1978 – 2005 Ojciec Święty napisał 14 Encyklik, 42 listy apostolskie, 11 Konstytucji apostolskich oraz 14 Adhortacji. Pontyfikat Jana Pawła II przypadł na przełom mileniów, i to właśnie papież Słowianin wprowadził Kościół w nowe, trzecie tysiąclecie.

Działalność społeczna i polityczna Ojca Świętego przyczyniła się do załagodzenia konfliktów w różnych regionach świata oraz doprowadziła do pokojowych przemian w Europie. Jan Paweł II zainicjował proces szerokiego dialogu międzyreligijnego i międzykulturowego. Z inicjatywy Ojca Świętego powstały także Światowe Dni Młodzieży, czyli modlitewne spotkania młodych z całego świata organizowane z udziałem papieża.

13 maja 1981 roku  o godzinie 17.19, podczas audiencji na Placu Świętego Piotra w Watykanie, Jan Paweł II został postrzelony przez tureckiego zamachowca, Mehmeta Ali Agcę. Pomimo długiego leczenia i rehabilitacji nigdy już nie odzyskał pełni sił.

Papież Jan Paweł II beatyfikował 1338 błogosławionych (w tym 160 Polaków) oraz kanonizował 482 świętych Kościoła katolickiego (w tym 11 pochodzących z Polski). W czasie swojego pontyfikatu wyświęcił 2800 kapłanów i konsekrował  321 mianowanych przez siebie biskupów, a do godności kardynalskiej wyniósł 232 duchownych. Odbył także 1166 audiencji ogólnych, na których spotkał się z 18 mln pielgrzymów z całego świata.
W lutym 2005 roku u 85-letniego Jana Pawła II nastąpiły komplikacje zdrowotne spowodowane przebytą grypą (rozwijające się zapalenie krtani i tchawicy). Jego stan zdrowia gwałtownie się pogarszał, pojawiły się kolejne infekcje oraz niewydolność krążeniowa, a następnie szok septyczny. 2 kwietnia 2005 roku o godzinie 21.37 Ojciec Święty Jan Paweł II odszedł do Domu Ojca. Bezpośrednio na Placu Świętego Piotra oraz za pośrednictwem mediów miliony wiernych na całym świecie towarzyszyły temu wyjątkowemu człowiekowi w ostatnich dniach. Natychmiastową reakcją na wiadomość o śmierci były gromkie brawa w podzięce za wspaniały pontyfikat oraz odśpiewanie dziękczynnego Te Deum laudamus. Tłum zgromadzony na Placu Świętego Piotra zaczął wznosić okrzyki: Santo Subito! Było to świadome potwierdzenie wielkości pontyfikatu Ojca Świętego oraz  podziękowanie za Jego życie pełne miłości, pokory i dobroci.