Zakres działalności duszpasterskiej kapłana jest szeroki. W dodatku, kiedy pomyśli się o warunkach społecznych i kulturowych dzisiejszego świata, łatwo zrozumieć, że prezbiterom może zagrażać niebezpieczeństwo rozproszenia pośród wielu różnorakich zadań. Sobór Watykański II odkrył w miłości pasterskiej więź, która zespala ich życie wewnętrzne z działalnością zewnętrzną. « Ta zaś miłość pasterska - głosi Sobór - wypływa głównie z Ofiary eucharystycznej, ponieważ całe życie prezbitera jest w niej zakorzenione ».

Jan Paweł II, Encyklika Ecclesia de Eucharistia, 2003.

Jesienią 1942 roku Karol Wojtyła podjął decyzję o wstąpieniu do Krakowskiego Seminarium Duchownego działającego w konspiracji. 9 września 1944 roku otrzymał z rąk arcybiskupa  Sapiehy tonsurę, a 17 grudnia 1944 roku  pierwsze dwa święcenia niższe. W marcu 1945 roku wznowił działalność Uniwersytet Jagielloński:  klerycy z tajnego seminarium stali się studentami Wydziału Teologicznego.

W związku z podjęciem przez Karola Wojtyłę dalszych studiów w Rzymie 13 października 1946 roku otrzymał on święcenia subdiakonatu, a 20 października 1946 roku święcenia diakońskie. 1 listopada 1946 roku Karol Wojtyła został wyświęcony przez Kardynała Adama Stefana Sapiehę w prywatnej kaplicy Pałacu Arcybiskupów Krakowskich.   Po powrocie z Rzymu 15 czerwca 1948 roku młody ksiądz objął stanowisko wikarego w małopolskiej miejscowości Niegowić. Na miejsce przybył 25 lipca 1948 roku. Jako wikary odprawiał msze święte, spowiadał i prowadził zajęcia z nauki religii w okolicznych wsiach.  Założył także Koło Żywego Różańca, zainicjował wybudowanie nowego budynku kościoła oraz prowadził zajęcia w kole dramatycznym.

17 marca 1949 roku Karol Wojtyła został przeniesiony do Krakowa, do parafii Świętego Floriana. Zainicjował wtedy ruch duszpasterstwa środowisk akademickich na tym terenie. Samodzielnie nawiązywał kontakty ze studentami różnych uczelni, zorganizował kółko studiujących Summę (dzieła Świętego Tomasza Akwinaty), spotkania kolędowe, Misteria Męki Pańskiej  oraz polowe msze święte podczas wycieczek z młodzieżą. Zapoczątkował także kursy dla narzeczonych w kościele, organizował również zamknięte rekolekcje akademickie w klasztorach, opiekował się starszymi ministrantami oraz kontynuował pracę naukową. 1 stycznia 1950 roku został członkiem zwyczajnym Towarzystwa Teologicznego w Krakowie.

Podczas wycieczki kajakowej w sierpniu 1958 roku ksiądz Karol Wojtyła otrzymał informację, iż mianowany został biskupem pomocniczym w Krakowie, a tym samym najmłodszym członkiem Episkopatu Polski.